日本公司派駐台灣分公司的員工調回日本本社，回國後的薪水怎麼扣源泉、年末調整怎麼做？成為居住者後的給與全額源泉，已提申告書者年調只算回國日以後

假設日本公司派駐在台灣分公司的 1 位員工，在 10 月調回日本本社。回國後第一次發薪，薪資裡包含 9 月還在台灣工作的部分，還有一筆上半年度的獎金，源泉所得稅怎麼扣？年底的年末調整，要把整年算進去，還是只算回國以後？國稅廳有專門一頁說明。本文依國稅廳 No.2518 與 No.2875（均標示令和 8 年 4 月 1 日現在法令等）整理，查證日 2026-11-01；個案請洽稅理士，本文不替任何一位員工決定居住者身分或扣除項目。反向的情形（派出去前）見另一篇。

適用範圍：No.2518 本文寫的是從「國外的支店等」轉任到「國內的本店等」的人；若派駐的是另一個法人（例如台灣子公司），頁面本文沒有明寫是否同樣適用，請洽稅理士。

先看身分：回國後是居住者

No.2518 寫：從國外的分店等轉任到國內本店等的人，支付其回國後的給與、賞與等時，所得稅及復興特別所得稅（令和 9 年分以後是所得稅、防衛特別所得稅與復興特別所得稅）的源泉徵收與年末調整，依下列辦理。頁面說明：居住者（非永住者除外）不論所得發生地在國內或國外，都有在日本繳納所得稅的義務。

No.2875 說明所得稅法的居住者定義：在國內有「住所」，或到目前為止持續 1 年以上有「居所」的個人是居住者，居住者以外的個人是非居住者；「住所」是個人生活的本據，依客觀事實判定。員工是否在某日起成為居住者，要依這個定義看實際生活情形判定，不是只看調動命令的日期。

回國後的給與：全額按居住者源泉

No.2518 寫：對回國後成為居住者者所支付的給與等，若其支給期在成為居住者之日以後到來，即使給與的金額中含有「身為非居住者期間的勤務對應部分」與「賞與的查定期間對應部分」，也要以其總額，依居住者的給與等進行所得稅及復興特別所得稅的源泉徵收。

白話：員工回國後，公司在日本發的薪水與獎金，不必拆成「在台灣工作的部分」與「在日本工作的部分」來源泉，而是全額依居住者處理；但是，這是日本國稅廳對源泉的說明，台灣方面的課稅另有規定，本文沒有涵蓋。

年末調整：只算回國日以後

No.2518 寫：年末調整，若在回國日以後有提出「給與所得者的扶養控除等（異動）申告書」，就以回國日以後到年底前支給期到來的給與等為對象進行。

這種情形下的扣除：社會保險料控除、小規模企業共濟等掛金控除、生命保險料控除與地震保險料控除，以回國日以後所繳的保險料與掛金為對象；障害者控除、寡婦控除、ひとり親控除、勤勞學生控除、配偶者控除、配偶者特別控除、扶養控除、特定親族特別控除與基礎控除，則與在國內工作的員工相同處理。

算例（本站假設，非官方範例）

假設日本公司的員工 A 在台灣分公司派駐 2 年，10 月 1 日調回日本並成為居住者，10 月 25 日在日本領到第一筆月薪 40 萬円，其中含 9 月在台灣工作的部分，另在 12 月領到年終獎金 100 萬円，其查定期間含派駐的時間：依 No.2518，這些給與的支給期都在 A 成為居住者之日以後，源泉要以 40 萬円與 100 萬円的總額，依居住者的規定處理，不必拆開。年底，若 A 在 10 月 1 日以後提出了扶養控除等（異動）申告書，年末調整就只對 10 月 1 日起到年底支給期到來的給與（40 萬円，以及 11 月、12 月的月薪與 100 萬円獎金）進行；保險料控除只算 10 月 1 日以後所繳的部分；扶養控除、配偶控除等，與在國內工作的員工相同。算例的金額純屬示意。

怎麼做

1. 員工調回日本時，記錄調動日與開始在日本生活的日期，判斷居住者身分，必要時詢問稅理士。
2. 員工回國後，請其提出扶養控除等（異動）申告書。
3. 回國後支付的給與，以全額依居住者處理，不拆分非居住者期間對應的部分。
4. 年底的年末調整，以回國日以後到年底支給期到來的給與為對象；保險料只算回國日以後所繳的。
5. 一般年末調整的時程，見年末調整一年時程：12 月結算、翌年 1 月 31 日交源泉徵收票與 2027 年起的みなし提出。
6. 出國前的年末調整與出國後的源泉，見日本公司把員工派到台灣工作 1 年以上，出國前要先年末調整？出國後使用人的海外薪水原則免源泉，內國法人役員原則仍扣 20.42%；薪水由誰負擔的問題，見日本集團內兩家公司互派出向員工，薪水由誰付、給與負擔金怎麼列費用？較差補てん金、留守宅手當與役員的限制，那是公司之間負擔薪水的法人稅問題，與員工個人的源泉不同。

容易踩雷

• 把回國後支付的給與，拆成「台灣工作的部分免源泉、日本工作的部分才源泉」：No.2518 寫要以總額依居住者處理。
• 年末調整時把整年的給與都算進去：頁面寫對象是回國日以後到年底支給期到來的給與。
• 保險料控除把回國前繳的也算進去：頁面寫以回國日以後所繳為對象。
• 沒有請員工在回國後提出扶養控除等（異動）申告書：頁面的年末調整以此為前提。

常見問題

員工調回日本後，薪水裡含台灣工作的部分，要拆開嗎？

不用。支給期在成為居住者之日以後者，即使含非居住者期間的勤務對應部分，也以總額依居住者的給與源泉。

年末調整要算整年嗎？

不是。以回國日以後提出扶養控除等（異動）申告書為前提，對象是回國日以後到年底支給期到來的給與。

保險料控除怎麼算？

社會保險料、小規模企業共濟等掛金、生命保險料與地震保險料，以回國日以後所繳者為對象。

來源

• 国税庁：No.2518 海外出向者が帰国したときの年末調整（2026-11-01 查證）：その総額を居住者に対する給与等として所得税および復興特別所得税の源泉徴収をします。
• 国税庁：No.2875 居住者と非居住者の区分（2026-11-01 查證）：「住所」は、「個人の生活の本拠」をいい、「生活の本拠」かどうかは「客観的事実によって判定する」ことになります。

資訊查核｜最後查證日：2026-11-01｜通則整理，非個案法律或稅務建議；實際規定以官方最新公告為準。

本文由「喵宇宙 Meow Universe」製作，過程使用 AI 工具協助整理與撰稿，未經逐篇人工覆核。